Капотненское кладбище расположено в Юго-Восточном административном округе. Его площадь составляет 2 га. Входит в состав Государственного унитарного предприятия «Ритуал». Кладбище было основано в 1700 году. Название свое получило от одного из древнейших сел на территории современной Москвы – села Капотне, являвшегося вотчиной Николо-Угрешского монастыря. В 1756 году здесь произошло восстание крестьян, обложенных непосильными поборами со стороны игумена монастыря Иллариона. Триста человек крестьян осадили монастырь, а с наступлением темноты, боясь расправы, игумен бежал. Сняв осаду, крестьяне обратились с прошением к императрице Елизавете, прося перевести игумена Иллариона в другое место, а поборы заменить единым оброком. После долгого разбирательства просьба крестьян была удовлетворена. В 1789 г. вместо прежней церкви был построен новый деревянный храм, разрушенный в 1930-х годах. В 1866 году рядом с ним, недалеко от кладбища возведена каменная церковь Рождества Богородицы, сохранившаяся до сих пор.
Капотненское кладбище вошло в состав московских кладбищ в 1978 году. С 1961 года ведется постоянный архив по регистрации захороненных.