Кладбище расположено в Южном административном округе. Площадь его составляет 4 га. Входит в состав Государственного унитарного предприятия "Ритуал". Основано в 1771 г. как и многие московские кладбища, во время эпидемии чумы. Название свое получило от села Даниловского, более известного как Даниловская слобода. В 1829-1838 гг. взамен обветшавшей деревянной церкви построен храм Сошествия Духа Святого по проекту архитектора Ф.И.Шестакова при деятельном участии московского купца Семена Логиновича Лепешкина. Здание церкви выдержано в стиле ампир. Имеет два придела: Семи херсонских мучеников и Успения Святой Анны. Соседняя с нею церковь святителя Николая, сооруженная в 1901— 1902 годах, используется как часовня. Имеется мусульманский участок. Также на территории кладбища в 1901-1902 гг. построена церковь Николая на могиле Н.И. Гребневского.
Хоронили здесь главным образом ремесленников, мещан и купцов.
На кладбище находятся могилы художника и реставратора И.С. Остроухова, известного языковеда А.М. Селищева, искусствоведа, автора свыше 700 статей С.Н. Дурылина, композитора и солиста популярной группы «Лесоповал» С.В. Коржукова, актера Б.К. Новикова, футболистов Валерия Воронина и Алексея Еськова, актрисы Е.Л. Тяпкиной, Героев Советского Союза И.М. Зайкина, Н.С .Котова и Н.И. Сидорова.
Также здесь были похоронены купцы Павел и Сергей Третьяковы – основатели Третьяковской галереи. В ней собраны жемчужины русской живописи от древности до наших дней. 10 января 1948 года останки обоих братьев, а также жены Павла Михайловича – Веры Николаевны были перезахоронены на Новодевичьем кладбище. Здесь же сохранилась только могила родителей знаменитых меценатов. Вернее, сохранился их памятник. Лежат ли под ним какие-то останки, и если лежат, то обоих ли родителей, точных сведений нет, так как в архиве Третьяковской галереи хранится так называемое «Гарантийное письмо», согласно которому «Мытищинская скульптурная фабрика № 3 обязуется произвести «на Даниловском кладбище: а) изъятие праха Третьякова П.М. и погребение его на Новодевичьем кладбище; б) изъятие праха Третьякова М.З. и погребение в могилу вместо праха Третьякова П.М.; в) передвижка памятника Третьякова М.З. на место памятника Третьякова П.М.».
В отдалении от могилы родителей, в глубине Даниловского кладбища, находится еще одна могила Третьяковых. Около Никольского храма-часовни стоит едва приметный памятник — небольшая колонна из розового гранита. Там похоронены братья и сестра Павла Михайловича и Сергея Михайловича, умершие почти одновременно в младенчестве, в 1848 году, от эпидемии скарлатины: Даниил, Николай, Михаил и Александра. Это единственная могила рода Третьяковых, которую оставили без каких-либо изменений - не эксгумировали останков и не передвигали памятник.
Из общественных деятелей на Даниловском кладбище погребен товарищ Грановского – профессор истории Т.Н.Кудрявцев, один из лидеров «западников». К сожалению, его могила не сохранилась.
Нашли здесь покой и митрополит Питирим (Нечаев), и знаменитая московская святая «блаженная Матрена» - (Матрона Дмитриевна Никонова (1881-1952)). Ее могила является одной из самых почитаемых в Москве. В 1998 году мощи святой перенесены в Покровский монастырь. Однако паломничества на ее могилу не прекратились. Также собирают много паломников могилы афонского иеросхимонаха Аристокля и его ученика иеромонаха Исайи. Всех могил духовных лиц на кладбище насчитывается не один десяток.
С 1940 года ведется архив по регистрации захороненных.
В 1965 сооружён мемориал по проекту скульптора А.Н.Туманова и зажжён Вечный огонь над Братской могилой воинов, павших в Великой Отечественной войне.
